Hacia el centro meridional del terreno llano del parque se encuentra, recostado ya en la ladera del monte Erlepater, el blanco cementerio de Loyola. Es de notar que desde que la Compañía ocupó la Santa Casa en 1682, hasta 1868, es decir durante 186 años, los jesuitas que morían en Loyola eran enterrados en la planta baja de la Santa Casa. En 1867 fue construido en la huerta de Loyola el nuevo cementerio, y casi inmediatamente los jesuitas fueron expulsados una vez más del país y privados de sus casas. El primer enterrado en el nuevo cementerio fue el P. José Ramón Lasurtegui, que falleció en 1873 en Azcoitia, mientras la comunidad de Loyola estaba desterrada en Poyanne (Francia), de donde no regresaría hasta 1880. En 2002, sobre los dos extremos externos de los nichos sepulcrales del cementerio, han sido colocados dos mosaicos del artista Barboa, que representan la Comunión de los Santos y la resurrección de Cristo.

En el año 2000, sobre el triángulo llano del parque de Loyola se trazaron nuevos caminos de hormigón, se diseminaron bancos y se plantaron árboles. Y en una rotonda del mismo se colocó un monumento en bronce, obra del P. Antonio Oteiza (OFMC), que recuerda la primera etapa de la peregrinación de Iñigo convertido, la vigilia que cumplió en 1522 en el Santuario de Aránzazu.

Además, y ya en el año 2003, a lo largo de sus paseos han sido colocados elementos decorativos que a lo largo de los siglos habían sido realizados para el Santuario o habían formado parte de él, y habían quedado relegados en sus sótanos: antiguas rejas de las ventanas, pilas, aguamaniles, balaustras o capiteles de mármol... Entre estos restos destacan dos columnas salomónicas inacabadas, una entera y la otra partida en dos, similares a las que forman parte del altar mayor de la Basílica. No se sabe si sobraron porque el diseño del altar fue modificado, o las rechazaron porque durante su elaboración fueron consideradas defectuosas. Sus zonas inacabadas permiten apreciar cómo se elaboraba la rica taracea de mármol que las adorna.

Pero el parque del Santuario de Loyola, además de ocupar el triángulo llano, remonta toda la ladera visible del monte Erlepater, formando un espacio natural en el que hay abundantes árboles (sobre todo hayas), caminos muy practicables, bancos para contemplar el paisaje y... para meditar.

Estos terrenos ofrecen una grata expansión a todos los habitantes y huéspedes de Loyola, en particular a los numerosos grupos que frecuentan el Centro de Espiritualidad para seguir en él Tandas de ejercicios espirituales, hacer retiros, celebrar reuniones pastorales...

Es difícil encontrar un Santuario y un Centro Espiritual que ofrezca a sus huéspedes un espacio tan amplio para la búsqueda de Dios en el marco de la naturaleza. Además, es el paisaje que sirvió de fondo a la infancia, a la juventud y a la conversión de Ignacio de Loyola.