El Archivo Histórico de la Casa de Loyola, está formado por los siguientes Fondos:

 San Ignacio y su Familia. Testamentos, pleitos, inventarios de bienes de la familia, contratos matrimoniales, compras y ventas de propiedades…

 Santuario de Loyola. Documentos sobre la Fundación del Colegio: Testamentos, títulos de propiedad, compras y ventas, censos, pleitos, diezmos, escrituras de obligación, arrendamientos, cartas de pago, fundaciones pías, cuentas y gastos del Colegio y Fábrica, etc.

 Compañía de Jesús. Historia de la Compañía, Casas y Colegios, Misiones en el exterior, Santos y personajes ilustres, Escritos de jesuitas del XVIII y principios del XIX; Ciencias sagradas, Filosofía y Ciencias y Artes varias.

 Historia Civil. Con documentos que van del Siglo XV al XX. Los Reyes Católicos; Legajos del Duque de Lerma, valido del Rey Felipe III de 1598 a 1618. Son, en su mayoría, documentos auténticos que forman la correspondencia oficial del gobierno, entre el Rey, el Duque y su secretario Andrés de Prada sobre asuntos a tratar en el Consejo de Estado. Hay instrucciones, órdenes, decretos, discursos, resoluciones, memorias, avisos, consultas y correspondencia.; Carlismo,…

 Archivos Privados de Familias Guipuzcoanas (Beristain, Idiaquez-Olano de Azkoitia, Capitán Maleo de Oyarzun, Zuazola del Mayorazgo de Floreaga, Los Zurbano de Segura). 

En Badator está metida la información de los archivos privados de familias guipuzcoanas que hay en el Archivo Histórico de Loyola (Loyola, Echarreta, Maleo, Olano, Zuazola, Zurbano,…). Se puede consultar en la página web de Irargi.